Lahir di Ozumba, Negara Bagian Meksiko, pada 1737, ia memiliki karier religius dan ditahbiskan sebagai pendeta pada usia dua puluh tahun.
Terlepas dari pelatihan filosofisnya, sejak usia yang sangat muda ia peduli dengan pengetahuan dan penerapan ilmu alam, fisika, matematika, dan astronomi. Dia menerbitkan karya-karya berharga tentang subjek ilmiah di koran dan majalah pada masanya. Ia memperoleh ketenaran internasional dan ditunjuk sebagai mitra terkait Akademi Ilmu Pengetahuan Paris. Dia menghabiskan banyak waktunya melakukan eksperimen sains dan mengumpulkan perpustakaan yang luas. Dia adalah seorang kolektor dari potongan arkeologi dan spesimen tumbuhan dan hewan langka. Jelajahi Xochicalco. Untuk memberi penghormatan kepadanya, pada tahun 1884 didirikan Antonio Alzate Scientific Society, yang pada tahun 1935 menjadi National Academy of Sciences. Karya editorialnya yang paling terkenal adalah catatan untuk Sejarah Kuno Meksiko oleh Jesuit Francisco Javier Clavijero. Dikatakan bahwa dia adalah kerabat jauh dari Sor Juana Inés de la Cruz. Dia meninggal di Mexico City pada tahun 1799.
