Kolonisasi di negeri-negeri yang jauh ini dicapai berkat kemauan yang tak tergoyahkan dan kerja tak kenal lelah dari sekelompok misionaris Yesuit yang, mengetahui bahwa para penakluk tidak dapat menaklukkan penduduk asli, memutuskan untuk membawa Injil kepada mereka, sehingga mencapai dengan kata apa yang belum dicapai dengan senjata.
Jadi, pada akhir abad ketujuh belas, di bawah inisiatif antusias dari Jesuit Eusebio Kino, yang memperoleh izin dari otoritas Spanyol untuk memulai ekspedisi Laksamana Isidro Atondo y Antillón, para misionaris tiba di tempat yang kemudian diyakini sebagai sebuah pulau, untuk menginjili penduduk liarnya. Untuk memberikan izin, Mahkota telah membuat syarat bahwa penaklukan dilakukan atas nama Raja Spanyol dan para misionaris sendiri mendapatkan sumber daya untuk melaksanakan tugas tersebut.
Misi pertama, Santa María de Loreto, didirikan pada tahun 1697 oleh Pastor José María Salvatierra, yang pernah di Tarahumara, dan yang diusulkan Pastor Kino untuk melaksanakan pekerjaan besar itu. Santa María de Loreto selama lebih dari seratus tahun adalah ibu kota politik, ekonomi, dan agama di California.
Selama tiga perempat abad berikutnya, para misionaris mendirikan rangkaian delapan belas benteng yang luar biasa, dihubungkan oleh apa yang disebut "jalan kerajaan" yang mereka bangun sendiri, menghubungkan wilayah Los Cabos, di selatan semenanjung, ke perbatasan saat ini dengan perbatasan kami. tetangga di utara; Ini dimungkinkan karena di antara misionaris terdapat pendeta yang memiliki pengetahuan tentang konstruksi dan teknik hidrolik.
Dari konstruksi yang hebat ini beberapa bertahan dalam kondisi sempurna, seperti San Ignacio, salah satu yang terindah dan terawat, yang dibangun oleh Pastor Juan Bautista Luyando pada tahun 1728; yang di San Francisco Javier, didirikan pada 1699, yang terdiri dari kapel batako sederhana dan rumah imam yang dibangun oleh Fray Francisco María Piccolo; bangunan saat ini dibangun pada tahun 1774 oleh Pastor Miguel Barco, dan karena arsitekturnya yang indah, bangunan ini dianggap sebagai "permata misi Baja California Sur"; bahwa Santa Rosalía de Mulegé, didirikan pada tahun 1705 oleh Pastor Juan María Basaldúa, 117 kilometer sebelah utara Loreto, adalah salah satu yang terbaik, karena dibangun di sebuah oasis di tepi laut.
Misi tersebut menggabungkan keindahan arsitektur dan kekayaan dekorasi dengan lingkungan praktis, yang memungkinkan pemukiman permanen didirikan di sekitar mereka. Para misionaris tidak hanya menginjili orang-orang Aborigin, tetapi juga mengajari mereka membuat gurun subur dengan pohon kurma; mereka memperkenalkan ternak dan budidaya jagung, gandum, dan tebu; Mereka berhasil membuat tanah menghasilkan pohon buah-buahan seperti alpukat dan buah ara, dan untuk mematuhi ritus keagamaan yang membutuhkan anggur dan minyak, mereka memperoleh izin untuk menanam pohon anggur dan pohon zaitun, yang dilarang di seluruh zaman Baru. Spanyol, dan berkat saat ini anggur dan minyak zaitun yang sangat baik diproduksi di wilayah ini. Dan jika semua ini belum cukup, mereka juga memperkenalkan semak mawar pertama yang tumbuh subur di tanah ini dan yang hari ini menghiasi taman dan kebun di seluruh semenanjung.
