Colegio de San Juan de Letrán mulai dengan menyebut dirinya "Colegio para mestizos" dan didirikan pada tahun 1548, atas prakarsa orang-orang Spanyol semenanjung yang melihat peningkatan jumlah mestizo yang lahir di Spanyol Baru yang membutuhkan pendidikan.
Colegio de San Juan de Letrán dimulai dengan menamakan dirinya “Colegio para mestizos” dan didirikan pada tahun 1548, atas prakarsa peninsular Spanyol yang melihat peningkatan jumlah mestizo yang lahir di Spanyol Baru yang membutuhkan pendidikan.
Untuk mendirikan lembaga ini, mereka tidak meminta izin Raja Muda Antonio de Mendoza, melainkan mengirimkan perwakilan ke Spanyol untuk mendapatkan otorisasi dari raja, dan Don Gregorio de la Pesquera ditunjuk untuk misi tersebut. Orang yang bertanggung jawab ini memperoleh Sertifikat Otorisasi Kerajaan yang dikeluarkan pada tanggal 18 Agustus 1548. Pada awalnya, Perguruan Tinggi memperoleh permainan 600 ribu peso dari pertambangan, sumbangan pribadi dan sedekah.
Ia dipimpin oleh tiga orang pastor: seorang rektor dan dua anggota dewan, rektor dapat bertahan setahun di posnya dan kemudian dua lainnya dapat menempati pastoran. Membaca, doktrin Kristen diajarkan, dan kemudian siswa yang lebih mahir didorong untuk pergi ke perguruan tinggi.
Sekolah tersebut menurun pada akhir abad ke-18, dan bertahan sampai Kemerdekaan dan pada tahun 1821 menerima dorongan besar tetapi akhirnya menghilang pada tahun 1857. Terletak di Calle de San Juan de Letrán lama antara Calle Venustiano Carranza dan Madero saat ini di trotoar itu menghadap ke timur di depan biara San Francisco yang menempati seluruh jalan.
