Lahir di Como, Italia pada tahun 1702 dari kelahiran bangsawan. Di Spanyol, di mana dia datang untuk melarikan diri dari perang Austria, dia menerima kekuasaan yang luas untuk mengumpulkan pensiun keturunan Moctezuma di Royal Cajas Meksiko.
Dia melakukan perjalanan ke New Spain pada tahun 1736. Selama delapan tahun tinggal, dia mengabdikan dirinya untuk menyelidiki penampakan Perawan Guadalupe, mengumpulkan banyak materi grafis dan piktografik. Ini mempromosikan penobatan gambar Guadalupan, yang menyebabkan ketidakpercayaan terhadap otoritas viceregal. Dia ditawan dan koleksinya dilucuti. Beberapa bulan kemudian, setelah dideportasi ke Spanyol, dia menaiki kapal yang jatuh ke tangan para perompak yang meninggalkannya di Gibraltar.
Dengan karya-karya hebatnya ia tiba di Spanyol dan berhubungan dengan kolektor Mariano Fernández de Echeverríay Veytia yang mencapai pembebasannya dengan dinamai Royal Chronicler of the Indies, sebuah posisi yang ditolak Boturini untuk mendedikasikan dirinya untuk menulis tentang sejarah masyarakat adat. Meskipun dia tidak pernah menemukan koleksinya, dia menulis Katalog Museum India di atasnya. Karyanya sangat orisinal dan terdokumentasi dengan baik. Dia meninggal di Madrid pada tanggal yang tidak pasti, antara 1750 dan 1755.
