Penaklukan Oaxaca relatif damai, karena penguasa Zapotec dan Mixtec mengira mereka akan menemukan di Eropa sekutu yang mereka butuhkan untuk mengalahkan Aztec.
Di sisi lain, kelompok lain seperti Zapotec dari Sierra, Chontales dan terutama Mixes melawan dan melakukan sekuel pemberontakan. Setelah kemenangan mereka dan masih di abad keenam belas, Spanyol melucuti penduduk asli dari tanah mereka, melegalkan tindakan ini melalui encomiendas, mercedes dan divisi yang diberikan oleh raja, dengan demikian menguraikan, dari awal penaklukan Spanyol, ketidakseimbangan dan ketidaksetaraan yang akan terjadi antara Spanyol dan masyarakat adat.
Pelanggaran yang dilakukan oleh penjajah begitu banyak sehingga sebagian besar pekerjaan yang dilakukan oleh dua Audiencias dan Viceroy Antonio de Mendoza ditujukan untuk membatasi kekuatan Marquis dari Valle de Oaxaca, Hernán Cortés, dan dari encomenderos. Mereka dengan demikian mengusulkan untuk memperkuat otoritas Kerajaan dan itulah sebabnya Undang-Undang Baru (1542) diundangkan dan administrasi yang kompleks dibentuk. Tugas evangelisasi di daerah Mixtec dan Zapotec adalah pekerjaan ordo Dominika yang membangun, dengan pekerjaan pribumi, gereja dan biara mewah di tempat-tempat pusat populasi yang besar terkonsentrasi, seperti Kota Antequera, Yanhuitián dan Cuilapan. .
Penaklukan spiritual lebih radikal dan kekerasan daripada penaklukan militer. Untuk mempertahankan kendali penduduk, para penakluk mempertahankan, dengan modifikasi, struktur asli tertentu sehingga beberapa kepala Lembah Oaxaca dan Mixteca Alta berhasil melestarikan hak istimewa dan properti kuno; Sebaliknya, untuk mengubah orang-orang Amerika menjadi Kristen, para misionaris berjuang untuk menghancurkan semua jejak agama di dunia pra-Hispanik.
Meskipun populasi penduduk asli menurun secara demografis, yang disebabkan oleh epidemi dan penganiayaan, abad ke-16 merupakan salah satu pertumbuhan ekonomi karena pengenalan teknik, tanaman, dan spesies baru. Di Mixteca, misalnya, keuntungan besar diperoleh dari eksploitasi ulat sutera, sapi, dan gandum. Perkembangan pasar perkotaan dan pertambangan berkontribusi pada pertumbuhan ini.
Namun, kemakmuran ini terganggu oleh masalah pertambangan yang dihadapi sejak 1590. Perdagangan antara Seville dan Amerika menurun dan penurunan populasi menyebabkan konsumsi kota-kota menurun dan tenaga kerja dikurangi hingga ekspresi minimumnya.
Pada abad ketujuh belas, depresi ekonomi terjadi ketika mereka mendefinisikan struktur kolonial, skema dominasi dikonsolidasikan, dan mekanisme ekonomi yang bergantung didirikan. Penerapan skema monopoli dan komersial tersentralisasi menghambat pembangunan ekonomi daerah, menyebabkan daerah sekaya Lembah Oaxaca mengorientasikan perekonomiannya menuju swasembada meskipun pentingnya produksi dan perdagangan kakao, nila dan kokineal. .
Sudah pada paruh kedua abad ketujuh belas, ekonomi Spanyol Baru mulai membaik: produksi pertambangan telah pulih, perdagangan dengan Amerika Tengah dan Peru diizinkan lagi, dan penduduk asli mulai pulih. Pada saat ini, orang Spanyol yang tinggal di Mixteca dan di Lembah Oaxaca mendedikasikan diri mereka untuk peternakan dalam jumlah besar dan haciendas berhasil menggabungkan produksi gandum dan jagung dengan pemeliharaan ternak. Ekonomi kolonial direstrukturisasi antara 1660 dan 1692, meletakkan dasar bagi abad Pencerahan.
Spanyol Baru tumbuh dan berkembang di Zaman Pencerahan. Wilayah itu berlipat ganda, populasinya tiga kali lipat, dan nilai produksi ekonomi enam kali lipat. Contoh terbaik dari kemajuan ini diamati di pertambangan, poros ekonomi pusat yang, meski masih memperbudak, bekerja dari 3.300.000 peso pada tahun 1670 menjadi 27.000.000 pada tahun 1804.
Kemewahan New Spain dimanifestasikan dalam aktivitas konstruksi yang intens dan melimpah dalam kemegahan Barok, saat itulah di Antequera mereka membangun, antara lain, Kapel Rosario Gereja Santo Domingo, Gereja Soledad, San Agustín dan Consolación.
Abad ke-18 adalah abad modernisasi reformasi politik dan ekonomi yang dilakukan oleh raja-raja Bourbon.
Pada tahun 1800, Meksiko telah menjadi negara dengan kekayaan luar biasa tetapi juga kemiskinan ekstrim, mayoritas penduduk terikat pada haciendas dan komune, mereka dianiaya di tempat kerja, diperbudak di tambang dan pabrik, tanpa kebebasan, tanpa uang. dan tanpa ada kesempatan untuk berkembang.
Semenanjung Spanyol memonopoli kekuatan politik dan ekonomi; Kondisi ketimpangan sosial, ekonomi dan politik yang demikian menumpuk ketegangan dan ketidakpuasan. Di sisi lain, dampak peristiwa seperti Revolusi Prancis, kemerdekaan Amerika Serikat, dan Revolusi Industri Inggris mengguncang hati nurani Amerika dan gagasan Kemerdekaan Spanyol Baru mulai terbentuk di kalangan Kreol.
