Kristenisasi Yaquis adalah apa yang memungkinkan agama menyebar pada 1609, menembus wilayah Sonora.
Selama Koloni, Sonora hanya berhubungan dengan lereng Sierra Madre Occidental dalam batas entitas itu. Wilayah yang mengalir ke utara dari Sungai Yaqui, termasuk Real de la Cieneguilla, disebut Pimería Baja dan wilayah paling utara dari Real ke Sungai Colorado - sudah berada di negara bagian Arizona di Amerika Utara saat ini - disebut Pimería Alta.
Wilayah Sonoran saat ini juga mencakup wilayah kecil di barat daya yang kemudian dikenal sebagai Pimería, yang terletak di negara bagian Chihuahua dan Ostimuri, sebuah tempat yang terletak di pantai Teluk California, antara sungai Mayo dan Sungai Yaqui.
Pada tahun 1614, misionaris Pérez de Rivas dan Pedro Méndez mengkristenkan suku Maya di wilayah Ostimuri, membagi misi menjadi tiga Distrik: Santa Cruz (di mulut Mayo), Navojoa dan Tesia.
Tepahues digabungkan bersama dengan Cornicaris pada tahun 1620. Pastor Miguel Godínez mendirikan misi San Andrés de Cornicari dan Asunción de Tepahui . Pada tahun yang sama, Rektorat San Ignacio didirikan, yang termasuk, di samping lima misi yang disebutkan di atas, misi Bacúm, Torín dan Rahún, yang terletak di muara Yaqui.
Pada 1617, Yaquis diubah oleh orang tua Pérez de Rivas dan Tomás Basilio. Meskipun mengalami pemberontakan, kerusuhan, siksaan, dan pembunuhan, konversi Sonora lebih cepat dan lebih aman. Pada abad ke-17 para Yesuit memperluas dan mendirikan misi Maycoba dan Yecora di bagian barat daya dari apa yang mereka kenal sebagai Chínipas.
Misi dari Sungai Yaqui ke utara dibagi menjadi empat wilayah: San Borja mengelompokkan misi: Cucumaripa dan Tecoripa , didirikan pada 1619; Movas dan Onovas, pada 1622; Sahuaripa pada tahun 1627; Matape pada tahun 1629; Onapa pada 1677 dan Arivechi , pada 1727. Rektorat Tiga Martir Suci Jepang yang meliputi Batuco didirikan pada 1627, Oposura pada 1640 dan Bacadeguachi , Guazava , Santa María Baceraca dan San Miguel Bavispe , didirikan pada tahun 1645. Dan Rektorat San Javier yang mengintegrasikan misi Ures pada tahun 1636; Aconchi, Opodepe dan Banámichi pada tahun 1639; Cucurpe dan Arizpe pada 1648, dan Cuaquiárachi pada 1655.
Pada tahun 1687 misionaris Eusebio Francisco Kino memasuki Pimería Alta dan memulai misi Rektorat Nuestra Señora de los Dolores, mendirikan: Caborca, tempat Francisco Javier Saeta ditugaskan yang memelihara korespondensi dengan dukungan spiritualnya, sang ayah Kino; Atil, Tubutama, Our Lady of Sorrows dari Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera dan Imuris.
Setelah pengusiran para Yesuit, para misionaris bertanggung jawab atas para Fransiskan, yang tidak membangun lagi dan hanya membatasi diri mereka sendiri untuk mencoba melestarikan yang sudah ada. Setelah para Yesuit telah mendirikan pemukiman di Sinaloa dan Sonora, mereka mengalihkan pandangan mereka ke wilayah California.
