Hidalgo berangkat ke Aguascalientes dan menuju Zacatecas. Di sini ditentukan bahwa para pemimpin utama, dengan pasukan dan uang terbaik, berangkat ke Amerika Serikat.
Dalam perjalanan, mereka ditawan oleh kaum royalis pada 21 Maret di Norias del Baján atau Acatita del Baján. Hidalgo dibawa ke Monclova, dari sana dia pergi pada 26 Maret melalui Alamo dan Mapimí dan pada tanggal 23 dia memasuki Chihuahua. Kemudian prosesnya dibentuk, dan pada 7 Mei diambil pernyataan pertama. Karakter gerejawi Hidalgo menyebabkan prosesnya tertunda lebih dari rekan-rekannya.
Hukuman penurunan pangkat diucapkan pada 27 Juli dan pada 29 Juli dieksekusi di Rumah Sakit Kerajaan tempat Hidalgo dipenjara. Pengadilan militer mengutuk tahanan untuk dibawa ke senjata, bukan di tempat umum seperti rekan-rekannya, dan menembaknya ke dada dan bukan ke belakang, dengan demikian menjaga kepalanya. Hidalgo mendengar kalimat itu dengan tenang dan bersiap untuk mati.
Hari terakhirnya dijelaskan sebagai berikut: “Kembali di penjaranya, mereka menyajikan sarapan cokelat, dan setelah mengambilnya, dia memohon agar air disajikan sebagai pengganti segelas susu, yang dia selesaikan dengan tampilan nafsu makan dan kesenangan yang luar biasa. Sesaat kemudian, dia diberitahu bahwa waktunya telah tiba untuk pergi ke penyiksaan; Dia mendengarnya tanpa perubahan, berdiri, dan menyatakan bahwa dia siap untuk pergi. Akibatnya, dia keluar dari kubus mengerikan di mana dia berada, dan setelah maju lima belas atau dua puluh langkah darinya, dia berhenti sejenak, karena petugas penjaga telah menanyakan kepadanya apakah ada yang ditawarkan kepadanya untuk dibuang terakhir; Untuk ini dia menjawab ya, bahwa dia ingin mereka membawakan dia beberapa permen yang dia tinggalkan di bantalnya: mereka memang membawanya, dan membagikannya di antara prajurit yang sama yang seharusnya membakarnya dan berbaris di belakangnya, dia mendorong dan menghibur mereka dengan pengampunan dan penghiburannya. kata-kata termanisnya untuk melakukan pekerjaan mereka; Dan karena dia tahu betul bahwa dia telah diperintahkan untuk tidak menembak kepalanya, dan dia takut dia akan sangat menderita, karena hari masih senja dan benda-benda tidak terlihat dengan jelas, dia menyimpulkan dengan mengatakan: “Tangan kanan yang akan saya taruh di dada saya akan menjadi , anak-anakku, target aman yang harus kamu tuju ”.
“Bangku penyiksaan telah ditempatkan di sana di kandang bagian dalam sekolah yang dimaksud, tidak seperti yang dilakukan dengan pahlawan lainnya, yang dieksekusi di alun-alun kecil di belakang gedung tersebut, dan di mana monumen itu sekarang. yang mengingatkan kita padanya, dan mal baru yang memakai namanya; dan ketika Hidalgo mengetahui tempat dimana dia dituju, dia berjalan dengan langkah yang tegas dan tenang, dan tanpa membiarkan matanya ditutup matanya, berdoa dengan suara yang kuat dan kuat mazmur Miserere me; Dia tiba di perancah, menciumnya dengan pengunduran diri dan rasa hormat, dan meskipun ada pertengkaran yang tidak membuatnya duduk dengan punggung menghadap ke depan, dia mengambil tempat duduk menghadap ke depan, menegaskan tangannya di hatinya, mengingatkan para prajurit bahwa ini adalah titik di mana mereka harus menembaknya, dan sesaat kemudian tembakan lima senapan meledak, salah satunya secara efektif menembus tangan kanan tanpa melukai jantung. Pahlawan, hampir tanpa ekspresi, memaksakan doanya, dan suara mereka dibungkam ketika lima moncong senapan lainnya diledakkan lagi, yang pelurunya, melewati tubuh, memutuskan ikatan yang mengikatnya ke bangku, dan pria itu jatuh ke dalam danau darah, dia belum mati; tiga peluru lagi diperlukan untuk mengakhiri keberadaan berharga itu, yang telah menghormati kematian selama lebih dari 50 tahun. "
Kepalanya, bersama kepala Allende, Aldama dan Jiménez, ditempatkan di kandang besi di sudut Alhóndiga de Granaditas di Guanajuato. Jenazahnya dimakamkan dalam urutan ketiga di San Francisco de Chihuahua, dan pada tahun 1824 batang dan kepalanya dibawa ke Meksiko, untuk dikuburkan dengan penuh kesungguhan.
